Oftmals entsprechen die rein auf statistische Kriterien festgelegten Perimeter der Agglomerationsprogramme nicht der gelebten Realität. Trotzdem waren sie bisher ausschlaggebend, ob sich eine Gemeinde um die Bundesbeiträge bewerben kann oder nicht. Damit die Kantone und Agglomerationen flexibler sind und den effektiven funktionalen Räumen stärker Rechnung tragen können, hat der Bundesrat die Verordnung über das Programm Agglomerationsverkehr (PAVV) ergänzt. Neu werden auch raumplanerische Aspekte mitberücksichtigt (z. B. Grundlagen im kantonalen Richtplan oder regionale räumliche Entwicklungskonzepte), wie es in der Mitteilung des Bundesamts für Raumentwicklung heisst. Die Kantone oder Agglomerationen können somit vorschlagen, einzelne Gemeinden aufzunehmen beziehungsweise zu streichen.
Ausgelöst wurde diese Anpassung durch eine Motion von Ständerat Ivo Bischofberger aus dem Jahre 2018. Die Änderung tritt am 1. Oktober 2021 in Kraft und wird bei der 5. Generation der Agglomerationsprogramme zur Anwendung kommen. Für die Programme der vierten Generation haben insgesamt 32 Agglomerationen ihre Projekte beim Bund eingereicht (s. Mitteilung des ARE vom 15.9.2021).
